A principios de los años 80, los Centros Tecnológicos del País Vasco asumieron como uno de sus objetivos la formación de jóvenes recién licenciadas y licenciados, completando sus conocimientos tecnológicos y facilitando su incorporación al mundo laboral mediante el desarrollo de becas de un año de duración prorrogable a un segundo, adscritas a proyectos de investigación.

Las becas las otorgaban los dos Colegios Oficiales de Ingenieros Industriales (el de Bizkaia y el de Alava, Gipuzkoa y Navarra) y se desarrollaban en los propios Centros Tecnológicos.

Progresivamente, la oferta de becas fue aumentando e incluyendo a otras titulaciones.

El 23 de Marzo de 1995 se constituye la FUNDACIÓN CENTROS TENCOLÓGICOS PARA EL FOMENTO DE LA TECNOLOGÍA, cuyos patronos fueron CEIT, GAIKER, IKERLAN, INASMET, LABEIN, ROBOTIKER, TEKNIKER y los Colegios Oficiales de Ingenieros Industriales de ALAVA, BIZKAIA Y GIPUZKOA. Posteriormente, se incorporaron como patronos los Centros Tecnológicos ESI y LEIA.

Tras la creación de la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación en 1997, la Fundación abre sus convocatorias a los Agentes de la Red, de manera que estos puedan incluir becas en los programas de la Fundación.

En Diciembre de 2002, el Patronato de la Fundación acuerda modificar su denominación en memoria de D. Iñaki Goenaga Lumbier, por lo que esta pasa a denominarse FUNDACIÓN CENTROS TECNOLÓGICOS - IÑAKI GOENAGA.